Spack-Installation#

Anforderungen#

  • Interpreter for Spack:

  • Software erstellen

    • C/C++ Compiler

    • make, patch und bash

  • Archive erstellen und extrahieren

    • tar, gzip und bzip

  • Verwalten von Software-Repositories

    • git

  • Signieren und Verifizieren von Build-Caches

    • gnupg2 für gpg-Subcommand

$ sudo apt install build-essential patch tar gzip bzip2 git gnupg2

$ xcode-select --install
$ brew install make bash gzip bzip2 git gnupg
$ brew link gnupg

Anschließend wird die Shell konfiguriert indem z.B. für die Bash folgendes in die Bash-Konfiguration eingetragen wird:

$ source /usr/local/opt/modules/init/bash

Installation#

$ git clone https://github.com/spack/spack.git
Cloning into 'spack'...
...
$ cd spack
$ git switch releases/v0.19

Shell konfigurieren#

  1. Zur Konfiguration des Bash-Environment wird folgendes in ~/.bashrc eingetragen:

    export SPACK_ROOT=~/spack
. $SPACK_ROOT/share/spack/setup-env.sh

  2. Die geänderte Konfiguration wird nun übernommen mit

    $ source ~/.bashrc

Bootstrapping clingo#

Spack uses clingo to resolve optimal versions and variants of dependencies when installing packages. To install clingo from pre-built binaries you can simply specify a package:

Spack benutzt clingo um optimale Versionen und Varianten von Abhängigkeiten bei der Installation von Paketen aufzulösen. Um lingo aus vorgefertigten Binärdateien zu installieren, könnt ihr einfach ein Paket angeben:

$ spack spec zlib
==> Bootstrapping clingo from pre-built binaries
==> Fetching https://mirror.spack.io/bootstrap/github-actions/v0.4/build_cache/linux-centos7-x86_64-gcc-10.2.1-clingo-bootstrap-spack-idkenmhnscjlu5gjqhpcqa4h7o2a7aow.spec.json
==> Fetching https://mirror.spack.io/bootstrap/github-actions/v0.4/build_cache/linux-centos7-x86_64/gcc-10.2.1/clingo-bootstrap-spack/linux-centos7-x86_64-gcc-10.2.1-clingo-bootstrap-spack-idkenmhnscjlu5gjqhpcqa4h7o2a7aow.spack
==> Installing "clingo-bootstrap@spack%gcc@10.2.1~docs~ipo+python+static_libstdcpp build_type=Release arch=linux-centos7-x86_64" from a buildcache
Input spec
--------------------------------
zlib

Concretized
--------------------------------
zlib@1.2.13%gcc@11.3.0+optimize+pic+shared build_system=makefile arch=linux-ubuntu22.04-sandybridge

Bemerkung

Um von vorgefertigten Binärdateien zu booten, benötigt Spack patchelf unter Linux oder otool unter macOS. Ansonsten baut Spack sie aus den Quellen und mit einem C++ Compiler.

Bootstrap store#

Alle Werkzeuge, die Spack benötigt, werden in einem separaten Speicher installiert, der sich im Verzeichnis $HOME/.spack befindet. Die dort installierte Software kann abgefragt werden mit:

$ spack find --bootstrap
==> Warning: `spack find --bootstrap` is deprecated and will be removed in v0.19.
  Use `spack --bootstrap find` instead.
==> Showing internal bootstrap store at "/srv/jupyter/.spack/bootstrap/store"
-- linux-centos7-x86_64 / gcc@10.2.1 ----------------------------
bison@3.0.4  clingo-bootstrap@spack  python@3.10
==> 3 installed packages

Compiler-Konfiguration#

$ spack compilers
==> Available compilers
-- gcc ubuntu22.04-x86_64 ---------------------------------------
gcc@11.3.0

Baut euren eigenen Compiler#

$ spack install gcc
...
==> gcc: Successfully installed gcc-11.2.0-azhiay4ugfrs634hqlez7u3f2li3wvzd
  Fetch: 12.09s.  Build: 2h 8m 13.92s.  Total: 2h 8m 26.01s.
[+] /Users/veit/spack/opt/spack/darwin-bigsur-cannonlake/apple-clang-13.0.0/gcc-11.2.0-azhiay4ugfrs634hqlez7u3f2li3wvzd

Allerdings findet Spack den Compiler zunächst nicht:

$ $ spack compilers
==> Available compilers
-- apple-clang bigsur-x86_64 ------------------------------------
apple-clang@13.0.0

Ihr könnt ihn jedoch mit spack compiler find hinzufügen:

$ spack compiler find /srv/jupyter/spack/opt/spack/linux-ubuntu22.04-sandybridge/gcc-11.3.0/gcc-12.2.0-gbaw464qxjuz6i3uud42cd5mb4xujxia/
==> Added 1 new compiler to /srv/jupyter/.spack/linux/compilers.yaml
    gcc@12.2.0
==> Compilers are defined in the following files:
    /srv/jupyter/.spack/linux/compilers.yaml

$ spack compilers
==> Available compilers
-- gcc ubuntu22.04-x86_64 ---------------------------------------
gcc@12.2.0  gcc@11.3.0

Wenn ihr die Standard- und Site-Einstellungen überschreiben möchtet, könnt ihr $HOME/.spack/packages.yaml ändern:

packages:
  all:
    compiler: [gcc@12.2.0]

GPG Signing#

Spack unterstützt das Signieren und Verifizieren von Paketen mit GPG-Schlüsseln. Für Spack wird ein separater Schlüsselring verwendet, weswegen keine Schlüssel aus dem Home-Verzeichnis von Nutzern verfügbar sind.

Wenn Spack zum ersten Mal installiert wird, ist dieser Schlüsselring leer. Die in /var/spack/gpg gespeicherten Schlüssel sind die Standardschlüssel für eine Spack-Installation. Diese Schlüssel werden durch spack gpg init importiert. Dadurch werden die Standardschlüssel als vertrauenswürdige Schlüssel in den Schlüsselbund importiert.

Schlüsseln vertrauen#

Zusätzliche Schlüssel können dem Schlüsselring hinzugefügt werden mit spack gpg trust <keyfile>. Sobald ein Schlüssel vertrauenswürdig ist, können Pakete, die vom Besitzer dieses Schlüssels signiert wurden, installiert werden.

Schlüssel erstellen#

Ihr könnt auch eigene Schlüssel erstellen um eure eigenen Pakete signieren zu können mit

$ spack gpg export <location> [<key>…]

Schlüssel auflisten#

Die im Schlüsselbund verfügbaren Schlüssel können aufgelistet werden mit

$ spack gpg list

Schlüssel entfernen#

Schlüssel können entfernt werden mit

$ spack gpg untrust <keyid>

Schlüssel-IDs können E-Mail-Adressen, Namen oder Fingerprints sein.